4月24日成立南京市政厅，6月1日改为南京市政府。6月6日改南京市为南京特别市，直属行政院。江宁县群众认为南京特别市企图并入江宁县，是为了攫取江宁县的财富以支撑首都建设。其后，南京市与江苏省、江宁县在根据《首都计划》划界的谈判中陷入僵局无解。
民国十六年（1927年）4月18日，国民政府定都南京。4月24日成立南京市政厅，6月1日改为南京市政府。6月6日改南京市为南京特别市，直属行政院。任命刘纪文为首任市长。划南京城外廓以内南京特别市辖区。《南京特别市暂行条例》规定：南京特别市的暂定范围为157平方公里。外廓以外则为江宁县，隶属于江苏省政府。
南京特别市市徽
次年（1928年）11月21日，召开的第164次中央政治会议上，决定扩大南京特别市范围，废除江宁县，江宁县全境及浦口商埠全部划入南京特别市区域。
江宁县则反对并入南京市，时南京特别市财政极为困难，而江宁县是富庶之地。江宁县群众认为南京特别市企图并入江宁县，是为了攫取江宁县的财富以支撑首都建设。并入南京特别市会加重大家的负担。江宁县长周浩也在背后撺掇、唆使江宁各界进行抵制。
由于江宁县的强烈反对，在12月12日举行的第167次中央政治会议上，决定指定古应芬、叶楚伧、缪斌、赵戴文、陈果夫五委员及江苏省主席钮永建、南京市长刘纪文，对恢复江宁县并将其改为模范县一事进行审议。
民国十八年（1929）2月，国民政府发表《首都计划》。划定的南京特别市面积约为855平方公里，南起牛首山，北至八卦洲和江北的常家营，西至长江岸边的和尚路，东至青龙山。
其后，南京市与江苏省、江宁县在根据《首都计划》划界的谈判中陷入僵局无解。而江宁县群众在省、县的鼓动下又掀起了声势浩大的请愿运动，国民政府为照顾舆情，不得不将此方案搁置。
民国十九年（1930年），南京特别市改名南京首都市。民国二十二年（1933年）2月，江苏省决定：以江宁县为自治实验县，由梅思平担任县长。
此后在内政部的斡旋下，民国二十三年（1934年），南京市与江苏省、江宁县三方达成协议：南京首都市范围东至乌龙山外廓遗址( 沿尧化门、仙鹤门、麒麟门、沧波门和高桥门一线) ，南至铁心桥、西善桥、大胜关，西至浦口镇，北至长江。面积为465平方公里。
民国二十四年（1935年），江宁县政府终于从南京城中今长乐路西段迁往东山镇，结束了之前数年寄治市区的历史。
民国二十二年（1933年），南京首都市曾按警察区划分为八个自治区：
第一区（城北东，今玄武）、第二区（城东，今白下）、第三区（门东，今秦淮）、第四区（门西，今建邺）、第五区（城西）、第六区（城北西、今鼓楼）、第七区（下关）、第八区（浦口）。
民国二十三年（1934年）市县划界后，又划进了第九区（燕子矶区）、第十区（孝陵区）、第十一区（上新河）。
