第二层大脑是大脑边缘系统，人们常常称之为“情绪脑”。“情绪脑”到了大约2亿年前，哺乳动物开始登场。本能脑为你指出保持身体安全的方法，情绪脑给你提供情绪上的帮助，大脑皮层则为你规划愿景。情绪脑会推翻大脑皮层的合理规划，本能脑则会要求身体安全压过情感。幸好，这个问题也在及时的基因突变后迎刃而解。这项桎梏，没想到竟然是用来保护大脑的头骨和头颅肌肉。SRGAP2基因所制造的蛋白质，与神经迁徙和神经分化等功能有关。
了解大脑运作的基本原理，对提升自己和帮助他人都大有益处。如果你学会了识别什么是有效（和无效）的大脑习惯，在与他人交流时，你就能识别他们的大脑习惯。跟着我从大脑的“思维进化”去了解大脑。
苏联的一位学者伊凡耶夫里莫夫认为：“一旦我们人类的科学发展能够更深入地了解和开发大脑，人类将会为储存在脑内的巨大能力所震惊。如果人类迫使大脑发挥出一半的功能，那么将可以轻而易举地学会40种语言，背诵整部百科全书，拿到12个博士学位。”
人类的大脑有三层脑，它们功能各异，一层包裹一层。随着我们日益成熟，我们会在这三层大脑之上构建思维系统。第一层位于大脑的最里层，是最古老的一层大脑“本能脑”也被认为是“爬行脑”。第二层大脑是大脑边缘系统，人们常常称之为“情绪脑”。第三层比较年轻的打脑皮层，人们称之“智慧脑”。
“爬行脑”
大约三亿六千万年前，原始鱼类开始进军陆地，水陆交界处出现了两栖类，并进一步进化出可以完全脱离水域的爬虫类。为了适应陆地生活，爬行动物演化出了最初的“本能脑”。这个小小的脑干突出部分位于脊柱顶端，它的主要功能是保证身体的安全。本能脑的结构很简单，只有一个原始的反射模块，可以让爬行动物对环境快速做出本能反应，比如遇到危险就战斗或逃跑，遇到猎物就捕食，遇到心仪的异性就追求等。
“情绪脑”
到了大约2亿年前，哺乳动物开始登场。它们为了更好地适应环境，不仅让体温保持恒定，还进化出了情绪。有了情绪的加持，哺乳动物就能在恶劣的环境中趋利避害，大大提升了其生存优势，比如恐惧情绪可以让自己远离危险，兴奋情绪可以让自己专注捕猎，愉悦情绪可以增强同伴间的亲密度，伤心情绪能引来同情者的关爱等。这也是为什么我们喜欢把猫或狗当成宠物，因为这些动物很容易和我们产生情感上的交流，懂得取悦和照顾我们。
“智慧脑”
直到距今约250万年前，人类才从哺乳动物中脱颖而出，在大脑的前额区域进化出了“新皮层”。这个新皮层直到7万~20万年前才真正成形，成为一个无与伦比的脑区，它让我们产生语言、创造艺术、发展科技、建立文明，从此在这个星球上占据了绝对的生存优势。
本能脑为你指出保持身体安全的方法，情绪脑给你提供情绪上的帮助，大脑皮层则为你规划愿景。
没有三脑的协同，成功就极为困难。想象一下，如果三脑为了夺取身体控制权而战，哪个会取胜？情绪脑会推翻大脑皮层的合理规划，本能脑则会要求身体安全压过情感。想象一下，如果三脑都想要不同的结果，会出现怎样的混乱！想象一下，如果每部分脑都想胜过其他脑，赢得身体的控制权，你怎么可能有协调一致的行动?
限制大脑发展的六道难关
大脑进化的最大推手之一——“基因突变”
第一道难关：脑血流量不足
人脑的重量只占体重的2%，但是却消耗全身20%的血氧和25%的葡萄糖。这些能量，大多被用在脑神经细胞的电生理活动，以及脑中的废物清理程序上。由于大脑需要消耗巨大的能量，因此大脑能否顺利运转、成长和进化的关键，就在于身体有没有办法满足大脑的耗能需求。在人类、黑猩猩和大猩猩尚未分家之前，人科动物祖先的大脑和现今其他非人灵长类的大脑可能差异不大，大约只消耗全身8%的能量。此时的大脑，并非不想要能量，但是由于受到大脑血流量的生理限制，出于无奈，也只能接受这样的条件。一直到一千万年到一千五百万年前的RNF213基因可能发生了正向变异，并因此导致了颈动脉的直径扩张， 让流往大脑的血流量大增。
第二道难关：大脑无法从血液中有效获取能量
血液中除了氧气之外，最重要的物质就是葡萄糖。在突破上述第一道难关之后，进入大脑的血流量已经大幅增加，但是此时的大脑却面临到一个严重的问题：无法有效获取血液中的葡萄糖。这就好比是眼前有一片鱼虾富饶的大海，但由于没有适当的渔猎设备，身手再厉害的渔夫也只能悻悻然地望洋兴叹。幸好，这个问题也在及时的基因突变后迎刃而解。 这一次，前来救驾的是一个叫作葡萄糖转运子的SLC2A1基因。
第三道难关：大脑容量太小
大脑获得了足够的血流量、血氧和葡萄糖之后，资源丰沛，不但可以轻松应付认知运算和新陈代谢所需的耗能，甚至还有了扩充的本钱。但是有扩充的本钱，还得要有扩充的机会才行。在大约600万～700万年前，人类祖先刚刚与黑猩猩分道扬镳，此时至少有三个基因变异，刚好援助了人类大脑的扩增。第一个基因，就是名为ASPM的“异常纺锤状小脑畸形症相关”基因。第二个基因，是ARHGAP11B基因。第三个基因，是HAR1序列。
第四道难关：头颅肌肉形成紧箍咒
在大脑获得了大量血流、氧气、养分，并且开始扩增之后，最后一道限制大脑增长的桎梏，大家一定猜不到是什么。这项桎梏，没想到竟然是用来保护大脑的头骨和头颅肌肉。当时的头骨和头颅肌肉结构十分强健，虽然它们提供的保护功能极佳，但是却同时宛如是孙悟空头上的紧箍圈一样，牢牢束紧着大脑，让大脑毫无增长的空间。那究竟头颅空间和脑容量爆发的起因为何呢？原来，这个脑容量大跃进现象的起点，可能和某一个基因突变有关，而且最令人讶异的是，这个基因竟然和负责咀嚼的咬合肌有关。咀嚼肌群变小之后，可能意外释放了该肌群对头骨的束缚，使得脑容量获得了扩充的机会。
第五道难关：神经网络联结不足
随着基因突变所带来的前四道救援，脑细胞数量和脑容量都已经逐渐扩增。但是较多的脑细胞和较大的脑容量，并不一定就有较高的智商。最近的脑造影研究显示，脑细胞和脑区之间的联结方式和强度， 似乎和智商的关联度更高。在人类大脑的进化过程中，要如何突破这场困境呢？是否曾经有过基因变异而导致神经联结出现变化？答案是有的！ 这个基因就是SRGAP2基因。
SRGAP2基因所制造的蛋白质， 与神经迁徙和神经分化等功能有关。它可以延缓神经细胞成熟的时间，并且增加神经脊的数量和密度。神经脊是位于神经细胞树突上的突起物，与来自其他神经细胞的突触相联结。当神经脊的数量和密度增加时，也就形成了更多的神经联结。
第六道难关：智慧不足
在前五道“基因突变”的援助下，大脑获得了更多的血流量和能量、脑细胞和大脑皱褶增加、脑容量变大，而且神经细胞之间的联结也获得了增强。但是想要发展出各种较高阶的认知能力，包括简单的语言和沟通能力，则需要更进一步的推力才行。
在大约五十万年前，人类的FOXP2基因出现变异，让语言能力变强，也让人类的认知能力更向前迈进了一步。
事物越复杂，其需要进化的时间就越长。人脑是高度复杂的，所以经过了很长时间的进化。此外，因为每一代都是对上一代的改进，而不是全新的改变，所以有些东西看起来似乎不合逻辑。
