“恒温”方案为1~32胚龄37.8℃，33~35胚龄36.5℃~37℃。整批入孵时，应以“变温”孵化处理，因为同一胚龄，中后期胚胎释放代谢热累积，导致温度升高，必须采取降温措施处理。同时，温度高还可加速胚胎散发体热，防止脱水或绒毛与壳膜粘连，促使雏鸭顺利出壳。孵化室氧气含量为21％，二氧化碳0.5％时对胚胎发育最有利。翻蛋翻蛋的主要作用在于防止胚胎与壳膜的粘连。粘连的结果是胚胎血液循环受阻，影响胚胎的正常发育。
选择种蛋
种蛋品质优良与否，对孵化率和雏鸭的质量都有很大的影响，所以种蛋应按家禽种蛋要求进行严格选择。
孵化期及条件
番鸭的孵化期约需35天，骡鸭30天，都长于家鸭的28天。番鸭具有蛋大（75~85克）、壳厚（0.43~0.45毫米）、壳膜厚而坚韧（0.1~0.12毫米）和气孔少（每平方厘米60~76个）及通透性差等特点，所以其受热和散热过程较缓慢。同时，蛋黄比例高（3.5%~38.5％），脂肪食量约达17.19％，胚胎释放热量较多，如果不及时散热和供应新鲜空气则后期死胚蛋增加。
孵化温度
一般种蛋量大时，可采取分批入孵，以“恒温”孵化好，因为胚胎代谢热源可以作为热源。“恒温”方案为1~32胚龄37.8℃，33~35胚龄36.5℃~37℃。整批入孵时，应以“变温”孵化处理，因为同一胚龄，中后期胚胎释放代谢热累积，导致温度升高，必须采取降温措施处理。“变温”方案为1~6胚龄38℃~38.2℃，7~24胚龄为37.8℃，25~35胚龄为36.5℃~37℃。
孵化湿度
孵化初期以相对湿度60%~65％为宜，中期在55%~60％为宜，后期以75%~80％为宜。因为初期湿度大可使胚胎受热均匀，减少蛋中水分蒸发，利于羊水和尿囊液的形成。中期相反，需要排泄羊水、尿囊液及代谢产物，因此，湿度可低些。后期高温能促使蛋壳的碳酸钙变为碳酸氢钙，使蛋壳变脆，利于啄壳出雏。同时，温度高还可加速胚胎散发体热，防止脱水或绒毛与壳膜粘连，促使雏鸭顺利出壳。
空气
胚胎在发育过程中必须不断地进行气体变换，吸入新鲜空气，排出二氧化碳。据测定，孵化后期，每昼夜需氧量为初期的110倍以上。孵化室氧气含量为21％，二氧化碳0.5％时对胚胎发育最有利。二氧化碳上升到0.5％以上时，孵化率开始下降，达到5％时孵化率将降至零。调节空气必须通风，但通风与温湿度调节有负相关作用。因此，空气调控要与温差等环境条件综合考虑。
翻蛋
翻蛋的主要作用在于防止胚胎与壳膜的粘连。粘连的结果是胚胎血液循环受阻，影响胚胎的正常发育。同时，定时转动蛋的位置，可以增加胚胎运动，促进胚膜生长，也增加了卵黄囊，尿囊血管与蛋黄、蛋白的接触面，有利于营养物质的吸收和水的平衡。一般每昼夜翻蛋次数不少于4次，翻蛋角度应达到110度。
凉蛋
番鸭蛋孵化至第8天，胚胎已开始利用脂肪，蛋温也随之升高，至10天可达38℃。因此，一般10天开始喷水凉蛋。凉蛋采用25℃~30℃的温水，每天2次，每次30分钟左右，使蛋温降至32~35℃为宜。这样可使胚胎过多的生理热得到及时散发，防止蛋温过高，保持孵化温度的稳定。另外可将蛋面上的胶质膜洗去，还能促进蛋壳及蛋壳膜的收缩和扩张，加大蛋壳膜的通透性，促进水分代谢和气体交换，从而增强胚胎的活力，提高孵化率。
机器孵化法
机器孵化一般都设有自控装置，具有易于操作管理和孵化量大。孵化效果好等优点。孵化机械有很多品种规格可参照说明书等使用，注意在开机前对孵化机进行运转检查、消毒和温度校对。对经常停电或电压不稳的地方要有备用电源和稳压器，以防止自控系统失灵。
传统孵化法
传统孵化法包括桶孵法、缸孵法及炕孵法等。其优点是设备简单、不用电、成本低廉。缺点是靠经验施温，不易掌握，劳动强度大。主要程序为前期供温和保温，后期摊床，靠胚自温孵化。目前传统孵化在养鸭生产中仍然发挥着一定的作用。
